Die Filderklinik ist eine gemeinnützige GmbH. Gesellschafter sind die MAHLE-Stiftung gGmbH, der Verein Filderklinik e.V. und der Verein zur Förderung der Filderklinik in Filderstadt e.V.
Geschäftsführer der Filderklinik gGmbH ist Nikolai Keller.
Die Filderklinik wird durch eine Klinikleitung geleitet. Dieser gehören neben Nikolai Keller, der als Geschäftsführer auch Vorsitzender der Klinikleitung ist, Dr. Stefan Hiller als Ärztlicher Direktor, Beatrix Greifeld als Betriebswirtschaftliche Leiterin und Andreas Spiller als Pflegedienstleiter an.
Die drei Gesellschafter der Filderklinik gGmbH haben jeweils einen besonderen Bezug zu ihr.
Den Begründern der Firma MAHLE und der aus ihr hervorgegangenen MAHLE-Stiftung ist es zu verdanken, dass es die Filderklinik überhaupt gibt. Von Anfang an fördert die MAHLE-Stiftung die Filderklinik und die Besonderheiten der Anthroposophischen Medizin mit großem Engagement.
Der Verein Filderklinik e.V. ist der Eigentümer der Gebäude. Er fördert darüber hinaus einen beträchtlichen Anteil der Forschung in der Filderklinik.
Der Verein zur Förderung der Filderklinik e.V. besteht aus Mitarbeitenden sowie Freunden und Unterstützern der Filderklinik. Viele ehemalige Patient/innen sind Mitglieder geworden.
Die Mitglieder des Aufsichtsrats sind Jürgen Schweiß-Ertl als Vorsitzender, Dr. René Madeleyn, Matthias Kniess und Dr. Rudolf Paulik.
Unsere Leitenden Ärztinnen und Ärzte tragen die Verantwortung für ihre jeweiligen medizinischen Fachabteilungen und Funktionsbereiche. Die Pflege wird durch pflegerische Leitungen und Gruppenleitungen, alle sonstigen Abteilungen durch Abteilungsleiter/innen verantwortet.